Skins daqui do site:
Para instalar os skins baixados desse site basta extrair o arquivo na pasta "cstrike":
Steam - Steam\SteamApps\sua conta\counter-strike\cstrike
NoSteam - Valve\cstrike

OBS.: Isso vale para todos skins do site, sem exceção.

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Skins de Armas:
Antes de instalar os skins recomendo salvar os skins originais, caso você não goste das novas é só colocar os originais de volta.

Copie o Skin que você baixou e cole na pasta MODELS:

Steam - Steam\SteamApps\sua conta\counter-strike\cstrike\models
NoSteam - Valve\cstrike\models

Se a Skin que você baixou veio com arquivos de áudio copie e cole na pasta WEAPONS:

Steam - Steam\SteamApps\sua conta\counter-strike\cstrike\sound\weapons
NoSteam - Valve\cstrike\sound\weapons

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Skins de Players:
Cada Player tem a sua pasta, o nome das pastas dos Players são (arctic, gign, gsg9, guerilla, leet, sas, terror, urban, vip)

As pastas estão nesse local:

Steam - Steam\SteamApps\sua conta\counter-strike\cstrike\models\player
NoSteam - Valve\cstrike\models\player

Veja o nome da Skin que você baixou, copie e cole dentro da pasta do Skin original que tem o mesmo nome (caso a pasta não exista é só você cria-la).

Exemplo: Baixei a Skin leet então eu tenho que colar o skin nesse local:

Steam - Steam\SteamApps\sua conta\counter-strike\cstrike\models\player\leet
NoSteam - Valve\cstrike\models\player\leet